
Évolution des techniques de microbiologie
Une brève histoire de la microbiologie
Là où tout a commencé
En pleine pandémie mondiale causée par un nouveau virus, il peut être difficile d'imaginer un monde où les micro-organismes seraient totalement inconnus . Pourtant , l' humanité a vécu dans l'ignorance de nos compagnons microscopiques jusqu'en 1683, lorsqu'Antoine van Leeuwenhoek a repéré pour la première fois des « animalcules » gambadant dans des gouttes d'eau . Grâce à la loupe la plus puissante jamais construite , van Leeuwenhoek était capable d'observer des micro-organismes, mais il faudrait des siècles avant que leur rôle dans la santé humaine, les maladies, la détérioration des aliments et bien plus encore ne soit compris.
Premiers événements dans l'histoire de la microbiologie
Au cours des 200 années qui ont suivi la découverte de van Leeuwenhoek, des progrès progressifs ont démontré de manière de plus en plus convaincante que de minuscules créatures invisibles à l'œil nu existaient tout autour de nous, dans chaque niche de l'environnement, et étaient responsables d'une multitude d'effets :
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En 1765, Lazzaro Spallanzani a cherché à savoir si la détérioration des aliments est inhérente à l'aliment lui-même, ou si elle est plutôt causée par un facteur environnemental inconnu. Pour ce faire, il a fait bouillir du bouillon et l'a placé dans des bocaux, fermés ou non, et a constaté que seul le bouillon contenu dans les bocaux ouverts devenait trouble et s'altérait, démontrant ainsi l'existence d'un facteur environnemental responsable de ce phénomène.
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En 1847, Ignace Semmelweis Il a recommandé aux médecins et aux chirurgiens de se laver les mains dans des solutions de chlore diluées pour réduire la transmission d'un facteur nocif encore indéfini des cadavres autopsiés aux patients vivants ; cette simple mesure a réduit le taux de mortalité dans son hôpital de quatre fois en un an.
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En 1849, John Snow a créé à lui seul le domaine de l’épidémiologie en analysant soigneusement les schémas du choléra à Londres et en concluant que, plutôt que de provenir de « miasmes » (air malsain), cette maladie était en fait transmise par un facteur inconnu dans l’eau, car elle semblait se propager dans toute la population à partir de sources d’eau.
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En 1857, Louis Pasteur décide définitivement a démystifié la théorie de la « génération spontanée » , Dans une expérience similaire à celle de Spallanzani , mais avec des flacons à col de cygne spécialement conçus, on a supposé qu'une force vitale aérienne était responsable de la contamination et de la détérioration. Ces flacons étaient dotés d'un long col incurvé conçu pour piéger les microbes environnementaux et les empêcher de pénétrer dans le flacon, tout en laissant l'air y pénétrer. Le bouillon bouilli dans ces flacons restait clair et intact, sauf si le col de cygne était cassé, prouvant ainsi que les micro-organismes, et non une force vitale présente dans l'air, étaient responsables de ces effets.
Les expériences fondamentales de Pasteur ont démontré de manière indiscutable un lien de cause à effet entre les micro-organismes et la détérioration des aliments, et cette étape importante peut être considérée comme l' anniversaire de la microbiologie en tant que science.
Jalons plus récents dans l'histoire de la microbiologie
À mesure que la microbiologie s’est imposée comme discipline, une série d’inventions et de découvertes clés ont conduit à son expansion et à son application :
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En 1882, Robert Koch définit les postulats de Koch, qui sont les critères utilisés pour définir un lien de causalité entre une maladie et un micro-organisme spécifique.
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En 1884, Christian Gram a décrit un protocole de coloration, aujourd'hui appelé coloration de Gram en son honneur, qui distingue de larges classes de bactéries présentant des compositions membranaires cellulaires différentes. Ces deux classes de bactéries sont appelées « Gram-positives » et « Gram-négatives », et la coloration de Gram est aujourd'hui couramment utilisée en clinique et en recherche pour caractériser les bactéries.
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En 1892 , Dmitri Ivanowski Il a découvert le premier virus connu, le virus de la mosaïque du tabac. Jusqu'alors, tous les micro-organismes infectieux connus étaient des bactéries. La découverte d'un facteur infectieux beaucoup plus petit, qui s'est avéré n'être qu'un exemple parmi tant d'autres, a donc été révolutionnaire.
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En 1928 , Alexander Fleming découvrit la pénicilline , le premier antibiotique. La découverte fortuite de cette substance, produite naturellement par certaines moisissures, allait entraîner une explosion du nombre d'antibiotiques produits naturellement et artificiellement, désormais disponibles pour manipuler et contrôler la prolifération bactérienne.
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La dernière étape importante du XXe siècle est le séquençage du premier génome bactérien complet . En 1995, le génome d' Haemophilus a été identifié . influenzae , la bactérie responsable de la grippe, a été publiée par l' Institut de recherche génomique , offrant un aperçu sans précédent sur un microbe au niveau moléculaire.
Il est important de noter qu'à mesure que le monde de la microbiologie s'est développé, nous en avons appris davantage sur le rôle des microbes au-delà des préoccupations médicales ; par exemple, les effets positifs (fermentation) et négatifs (sécurité alimentaire) des micro-organismes dans l'industrie agroalimentaire . Ces découvertes sont facilitées en partie par la sophistication croissante des outils dont nous disposons pour identifier et décrire les microbes, comme expliqué plus en détail dans la section suivante.
L'expansion de la taxonomie des microbes
Aux débuts de la microbiologie en tant que discipline scientifique, les différents micro-organismes se distinguaient principalement par l'apparence physique des colonies qu'ils formaient sur les milieux de croissance. Par exemple, un organisme pouvait être décrit par la forme générale de la colonie, qu'elle soit ronde, filamenteuse, irrégulière ou rhizoïde. Les colonies pouvaient également être décrites en fonction de leur hauteur de croissance par rapport à la surface du milieu , également appelée élévation ; les modèles d'élévation courants incluent des colonies surélevées, plates ou convexes. Un troisième paramètre souvent utilisé pour décrire l'apparence des colonies est la forme de leurs bords, par exemple s'ils sont lisses (entiers) ou lobés .
La capacité d’observer la forme, la morphologie et bien plus encore des colonies microbiennes a été rendue possible par le développement de techniques de culture pure et la formulation de milieux de culture spécifiques. Les progrès ultérieurs ont permis de différencier et d'identifier les micro-organismes en fonction de leur métabolisme, et non plus seulement de leur apparence. Les taxonomistes ont mis à profit ce nouvel outil, et le nombre d'espèces connues est passé de quelques dizaines à des milliers, puis à des millions , et désormais potentiellement à des milliards . Ces outils de découverte améliorés ont permis d’accélérer non seulement l’ identification des espèces, mais aussi leurs conséquences sur la santé et les activités humaines, leur habitat naturel et les voies de contamination. À mesure que les technologies modernes continuent de se développer, elles peuvent imiter, accélérer et démocratiser cette expertise.
Conclusion
Pendant trois siècles , nous avons développé notre capacité à observer, caractériser et identifier les micro-organismes. La biologie moléculaire contemporaine et d'autres techniques analytiques avancées ont continué d' apporter un nouvel éclairage sur ces premières découvertes et continueront sans aucun doute de générer une masse d'informations nouvelles sur l'identité des micro-organismes et leurs interactions avec l'humanité et notre environnement.